През 1964 г. Shiseido представя първия си парфюм Zen, който през годините излиза в няколко версии. Много от парфюмите на Shiseido са разпространени единствено в Азия. Парфюмите Nombre Noir, Feminine du Bois, Basara, Shiseido Relaxing и Shiseido Energizing са едни от по-известните парфюми на Shiseido. По-скорошните разработки на Shiseido включват парфюми като The New Zen (2007), Zen White (2009), Zen for Men (2009), Zen Purple (2010) и Zen White Heat (2011).